2007 年，江苏省农业科学院通过资源优化和学科重组，围绕食品安全重大需求与科学问题，在原“江苏省农产品安全检测重点实验室”、“江苏省畜禽产品安全性研究重点实验室”基础上，组建“江苏省食品质量安全重点实验室－省部共建国家重点实验室培育基地”（简称培育基地），2007 年获得科技部批准并实施建设【国科发基字（2007）404号】，2011年通过验收。

“食品质量安全”是江苏省农业科学院的首期重点学科，尤其在食源性生物危害因子与风险评估领域已有浓厚科学沉淀。2003 年，江苏省农业科学院针对国内外食品安全领域的科技与产业发展需求，结合地方经济特色及依托单位学科优势，举全院之力，全力支撑食品安全学科建设。经过十多年的建设，食品安全学科得到了长足发展，成为首批国家农产品质量安全风险评估实验室和任务承担单位，同时成功获得国家农产品质量安全监督检验测试与转基因生物安全的质检资质，目前在污染物的检测监测技术研究领域、食源性致病菌污染和噬菌体生物防控、畜产品中冠状病毒、支原体污染发生及致病机制、真菌毒素在稻麦上的产毒机制、风险评估以及降解控制研究、抗生素替代研究、蔬菜中诺如病毒污染研究、转基因生物安全、产地环境污染、植物病害与食品安全研究等方面，取得了突出进展，部分领域处于国内领先地位。获得国家奖 3 项，江苏省一等奖 6 项，二等奖 16 项，并积极开展成果落地，服务产业，成果转化收益达 2亿多元。